Padre Marcelo Rossi foi investigado pelo vaticano por quase dez anos. Segundo o UOL, a causa foi uma denúncia feita por um religioso brasileiro, que o acusou de culto ao personalismo, exibicionismo por ir demais às TVs, de desvirtuar as práticas católicas e de transformar a missa em uma espécie de "circo".

Com isso, o padre teve seus passos, CDs, livros, missas e aparições na TV seguidos de perto pelo Vaticano do final dos anos 90 até cerca de quatro anos atrás.

De acordo com divulgações do UOL, a investigação foi comandada pela Congregação para a Doutrina da Fé, liderada pelo cardeal Joseph Ratzinger, que mais tarde se tornaria o papa Bento 16. 

A assessoria do padre Marcelo e do bispo dom Fernando, da Mitra de Santo Amaro, superior direto do padre, disseram desconhecer a investigação.

O Vaticano recusou a se manifestar sobre o assunto, por meio de sua embaixada no Brasil.

Quase suspenso - O padre Marcelo Rossi e o bispo dom Fernando estiveram a ponto de serem chamados ao Vaticano para prestar contas, no final de 2004 e início de 2005. Com isso, o padre quase teve suas atividades suspensas, o que o impediria de celebrar missas, ouvir confissões e dar a hóstia.

Encontro papal impedido - Em 2007, padre Marcelo tentou se reunir com o papa Bento 16 durante visita ao Brasil. Porém, funcionários da Congregação que estavam presentes na comitiva do papa impediram o encontro porque, segundo eles, não cairia bem receber um religioso que estava "sob investigação".

No final de 2009, a Congregação decidiu encerrar as investigações sobre padre Marcelo. Ele foi inocentado de todas as falsas "acusações".

Em 2010, o padre finalmente foi recebido por Bento 16, no Vaticano, e este lhe outorgou um prêmio de Evangelizador Moderno, concedido pela Fundação São Mateus.