Primeiro reality que tem como principal desafio um confinamento de três meses após pandemia do novo coronavírus no Brasil, “A Fazenda 12” levou a RecordTV a criar todo um protocolo para manter a segurança da produção e dos participantes e evitar ao máximo seu contato com o mundo externo. 

Para tanto, a  emissora fará um pré-confinamento dos integrantes, duas semanas antes da estreia de 8 de setembro. A partir de 25 de agosto, os 20 futuros peões ficarão isolados em um andar inteiro de um hotel em Itapecerica da Serra, interior de São Paulo, e terão que se virar com a limpeza dos quartos. Todos serão testados em três ocasiões - no início de agosto; imediatamente antes da ida para o hotel e durante a estadia.

Segundo a colunista Patrícia Kogut, do jornal "O Globo", haverá dois produtores do programa coordenando o grupo. As refeições serão deixadas na porta dos quartos. Já Marcos Mion fará uma quarentena rígida em casa antes da estreia e não terá contato com os participantes nesta temporada, nem mesmo no momento da eliminação, quando ele costuma receber o peão que saiu. 

O apresentador só estará presente no campo de provas, mas manterá distância e usará um megafone para se comunicar com os competidores.  Durante o confinamento e ao longo do reality show, os peões também farão exames e serão acompanhados (à distância) por uma equipe médica.