Em 15 de dezembro de 2021, o Atlético conquistava seu segundo título de Copa do Brasil. No duelo contra o Athletico-PR, na Arena da Baixada, o Galo fez 2 a 1, voltou a vencer o Furacão, e deu a volta olímpica em Curitiba, uma semana depois da conquista do bicampeonato mineiro. A primeira taça do torneio eliminatório veio em 2014.
No confronto na capital paranaense, o Atlético abriu o placar com Keno e ampliou com Hulk. Jaderson descontou para os donos da casa nos minutos finais.
No jogo de ida das finais, o Galo goleou por 4 a 0, no Mineirão, com dois gols de Vargas, um de Hulk e outro de Keno, numa atuação de gala, que fez com que o Athletico-PR tivesse uma tarefa quase impossível para o confronto de volta.
Na busca pelo bicampeonato, o Atlético fez a melhor campanha da história da Copa do Brasil, com nove vitórias em dez jogos. O time teve apenas uma derrota, por 2 a 1, para o Bahia, no jogo de volta das oitavas de final.
Foram dez jogos, nove vitórias e uma derrota, com 21 gols marcados e apenas cinco gols sofridos em toda a competição. Um aproveitamento de 90% no torneio.
Na campanha, o Galo eliminou o Remo (2 a 0 e 1 a 0), Bahia (2 a 0 e 1 a 2), Fluminense (2 a 1 e 1 a 0), Fortaleza (4 a 0 e 2 a 1) e Athletico-PR (4 a 0 e 2 a 1).