Sem vaga na Copa Libertadores e com a 12ª colocação no Campeonato Brasileiro, o Atlético terá que disputar a primeira fase da Copa do Brasil de 2025, pela primeira vez desde 2020. A competição irá contar com 92 equipes no total, sendo que doze times entram na terceira fase.

Os 80 clubes que jogam o torneio desde o começo são distribuídos em oito potes, de acordo com o Ranking Nacional de Clubes (RNC) da Confederação Brasileira de Futebol (CBF). O Atlético está no pote A, ao lado de Athletico-PR, Fluminense, Grêmio, América-MG, RB Bragantino, Vasco, Atlético-GO, Juventude e Cuiabá.

Os confrontos da primeira fase são definidos por sorteio, que ainda não tem data para ser realizado. O Galo vai pegar os times que estão no pote E: Sousa, Tocantinópolis, São Raimundo-RR, Maringá, Cascavel, Pouso Alegre, Asa, União Rondonópolis, Gazin Porto Velho e Sergipe. A primeira fase será disputada em jogo único, com o time de menor pontuação no RNC da CBF sendo o mandante. Em caso de empate, o visitante se classifica. 

Na última vez que jogou o campeonato desde o começo, em 2020, o Galo sofreu a derrota histórica para o Afogados (PE), nos pênaltis, após empatar em 2 a 2 o jogo no tempo normal. 

Com o sorteio, os times do pote A vão enfrentar o pote E. Times do pote B vão enfrentar o pote F. As equipes do pote C vão enfrentar o pote G e, por último, os times do pote D vão enfrentar o pote H.

Times e potes: 

Pote A: Atlético-MG, Athletico-PR, Fluminense, Grêmio, América-MG, RB Bragantino, Vasco, Atlético-GO, Juventude e Cuiabá

Pote B: Ceará, Vitória, Coritiba, Sport, Criciúma, Vila Nova, Operário-PR, Ponte Preta, Brusque e Sampaio Corrêa.

Pote C: Novorizontino, Tombense, CSA, ABC, Remo, Náutico, Amazonas, Confiança, Ferroviário e Botafogo-PB

Pote D: América-RN, Manaus, São José-RS, Aparecidense, Retrô, Caxias, Athletic, Nova Iguaçu e Portuguesa-RJ

Pote E: Sousa, Tocantinópolis, São Raimundo-RR, Maringá, Cascavel, Pouso Alegre, Asa, União Rondonópolis, Gazin Porto Velho e Sergipe.

Pote F: Humaitá, Trem, Ceilândia, Inter de Limeira, Maranhão, Operário-MT, Tuna Luso, Operário-MS, Concórdia e Cse

Pote G: Boavista, Parnahyba, Maracanã, Santa Cruz-RN, Gas, Rio Branco-ES, Rio Branco VN, Olaria, Portuguesa-SP e Votuporanguense

Pote H: Guarany, Jequié, Barcelona-BA, São Francisco-PA, Capital-DF, Independência, União-TO, Dourados, Barcelona-RO e Oratório